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La Ortografía de la lengua española, de la Real Academia Española y la Asociación de Academias de la Lengua Española (Madrid: Espasa Libros, 2010), señala lo siguiente:

Se emplea el dígrafo qu ante las vocales /e/, /i/: querer [kérer], esquema [eskéma],quimera [kiméra], esquina [eskína]. Como se ve, la u del dígrafo es en estos casos, un mero signo gráfico carente de valor fónico.

En el latín clásico, el fonema /k/ se representaba normalmente por la letra c, que en esa lengua podía aparecer ante cualquiera de las vocales (capra, centum [kéntum], circus[kírkus], communis, culpabilis). Por su parte, la letra q sólo se usaba en latín, seguida siempre de u, para representar la secuencia fónica /ku/ ante vocal perteneciente a la misma sílaba (quasi [kuási], quercus [kuérkus], liquidus [líkuidus], quod [kuód])

El hecho de que la letra q apareciese siempre en latín seguida de u explica la presencia del dígrafo qu en el sistema gráfico de español, que aprovechó esta combinación de grafemas latinos para representar el fonema /k/ ante las vocales /e/, /i/, aunque con la diferencia esencial, con respecto al latín, de que la u del dígrafo español qu no representa sonido alguno (español quieto [kiéto], del latín quietus [kuiétus]).