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Ambas grafías, nicolaíta y nicolaita, son válidas. La forma más común es con tilde, nicolaíta.

El uso de la tilde dependerá de la variación en la pronunciación: llevará tilde, nicolaíta, si se pronuncia como hiato /nikola í ta/. De acuerdo con lo que señalan las reglas ortográficas del español, las palabras con hiato formado por una vocal abierta átona y una cerrada tónica (en este caso, la vocal abierta átona /a/ + una vocal cerrada tónica /i/) siempre llevan tilde sobre la vocal cerrada, con independencia de que lo exijan o no las reglas generales de acentuación, por ejemplo:  sarab aí ta,  car aí ta,  p aí s,  ret aí la, etcétera.

En cambio, no lleva tilde, nicolaita, si se pronuncia como diptongo /nikol á ita/. En estos casos, ambas vocales se pronuncian dentro de la misma sílaba y es voz grave, por lo que sigue las reglas generales del español, las cuales indican que estos vocablos no se acentúan si terminan en -n , -s, o vocal , como en:  l ai co,  mos ai cos,  n ai lon, por mencionar algunos ejemplos.