Tras haber cursado los estudios primarios en su ciudad de origen, vivió luego en la capital del país. Dedicado, siendo aún muy joven, a actividades comerciales, encontró a la vez tiempo para inscribirse y asistir como alumno regular en la Escuela Nacional Preparatoria, tras la cual decidió seguir la carrera de medicina. Al término de ella quiso preparar su tesis sobre la botánica y la farmacología de los antiguos mexicanos. Esta forma de inicial acercamiento a las culturas prehispánicas despertó en él tan grande interés que, aun a costa de no recibirse como médico, prefirió dedicarse por entero a los estudios e investigaciones de tema arqueológico y, muy especialmente, a la indagación de las fuentes documentales tanto de procedencia indígena como de autores españoles del siglo xvi. Pronto llegó a dominar la lengua náhuatl y a vincularse permanentemente con quienes laboraban en el Museo Nacional de Arqueología.
De su dedicación dieron temprano testimonio varios trabajos suyos que, desde la década de 1880, comenzó a publicar en los Anales del citado Museo. A partir de 1889 Del Paso y Troncoso fue nombrado director de dicha institución. Muy poco tiempo después, durante buena parte de 1890 y 1891, realizó una importante exploración arqueológica en el estado de Veracruz. El prestigio de que ya entonces gozaba explica que recibiera luego el nombramiento de presidente de la Comisión Mexicana en la Exposición Histórica Americana que iba a celebrarse en Madrid para conmemorar, en 1892, el cuarto centenario del descubrimiento del Nuevo Mundo. Conservando su título de director del Museo Nacional en Europa, partió de México con rumbo a España en agosto de 1892. En tierras europeas había de permanecer laborando sin descanso en archivos y bibliotecas, hasta el tiempo de su muerte. Durante los casi 24 años que dedicó así a la investigación fuera de su patria, reunió, y dispuso para su publicación, un enorme caudal de documentos y obras inéditas de máxima importancia para la historia de México.
En 1893 fue designado miembro correspondiente de la Real Academia de la Historia y asimismo de la Asociación de Escritores y Artistas Españoles. En 1895 se le recibió como miembro honorario de la Pontificia Academia Romana en Arqueología y como correspondiente de la Societé des Américanistes de París. En 1898 obtuvo además diploma de miembro honorario de Anthropological Institute of Great Britain and Ireland.
En los Anales del Museo Nacional de Arqueología publicó, entre otros: “Ensayos sobre los símbolos cronológicos de los mexicanos”, 1882; “Estudios sobre la historia de la medicina en México”, 1886; “Lingüística de la República Mexicana”, 1886; “Códice indiano del Sr. Sánchez Solís”, 1888; “Los trabajos lingüísticos de don Miguel Trinidad Palma”, 1897. La serie de ediciones de obras fundamentales para la historia de México, aparecidas algunas después de su muerte, incluye los siguientes títulos: Historia y conquista espiritual de Yucatán, de fray Bernardo de Lizana, México, 1892; Biblioteca nahua, 6 vols., Florencia, 1899-1909; Historia de las cosas de la Nueva España de Felipe II. Índices razonados de las obras de Tezozomoc. Memorias del obispo de Tlaxcala, don Alonso de la Mota. Epistolario en facsímil.Relaciones de méritos de conquistadores. Tomo iii del Catálogo de la Sección de México en la exposición de Madrid de 1892. Tomo ii de losPapeles de Nueva España. Varios “Una carta de don…, sobre la fundación de Veracruz”, en Tiempo, 24 de junio de 1900 [1940]. [J. G.V.] Epistolario de la Nueva España (1505-1818), 16 vols., Antigua Librería de Robredo de José Porrúa e Hijos, 1939-1942. (Agustín Millares Carlo, Semblanzas de académicos, de José Luis Martínez, México: AML y FCE, 2004).
